Construite par Rodolphe d'Altenbourg et son épouse Cunégonde, fondateurs de la maison de Habsbourg, et dédiée aux apôtres du Christ Saint Pierre et Paul, elle est célèbre en Alsace pour sa remarquable et rare architecture d'église au plan central octogonal de style byzantin, carolingien et ottonien, inspirée de la chapelle palatine d'Aix-la-Chapelle (Aix-la-Chapelle) de l'empereur Charlemagne et de l'église du Saint-Sépulcre de Jérusalem. (le tombeau du Christ); elle fut consacrée en 1049 par le pape Léon IX.
Rodolphe mourut sans enfants, probablement tué avec son armée de 700 chevaliers alsaciens et souabes voisins, par les Normands lors de la bataille de Civitate en 1053 pour défendre le Saint Empire romain germanique contre les invasions normandes et sarrasines de l'époque. Il repose (vraisemblablement) dans sa tombe au centre de l'octogone, dont les pierres tombales ont été dressées et fixées contre les murs au XIXe siècle.
L'église est construite en calcaire de Brunstatt gris-jaune et en grès rose des Vosges, sur un plan central octogonal sur deux étages, avec un clocher-porche d'entrée et une coupole octogonale. Elle s'inspire grandement de la basilique Saint-Vital de Ravenne et de la chapelle palatine d'Aix-la-Chapelle, également dédiée à la Sainte Vierge, chapelle privée et lieu de sépulture de Charlemagne, elles-mêmes inspirées de l'église du Saint-Sépulcre de Jérusalem (tombeau du Christ). L'incendie de 1445-46, déclenché par les troupes de l'évêque de Bâle en conflit avec les Habsbourg, fit disparaître les fresques originales.
À partir de 1460, l'abbé Elisabeth de Blumeneck entreprit de décorer l'église de nouvelles fresques, mais sans achever les travaux. Par la suite, les fresques furent recouvertes de plâtre lors des réparations des dégâts causés à l'abbaye par la guerre de Trente Ans. En 1875, lors de nouvelles restaurations, les fresques, par hasard, furent redécouvertes.
Dans le déambulatoire inférieur, vous pourrez admirer une représentation de la messe du pape Grégoire en présence d'une abbesse. En direction de la porte de la sacristie, trois fresques représentent les membres de la famille de Rodolphe : sur l'une Rodolphe et son frère Radebot se détachent devant leur père Lanzelin, sur une autre le pape Léon IX bénissant Rodolphe et son épouse.
Sur la voûte du déambulatoire, devant la chapelle de la Sainte Croix, représentation des symboles des quatre évangélistes (tétramorphe), l'ange de San Matteo, le bœuf de San Luca, le lion de San Marco et l'aigle de San Giovanni. Cette fresque a été repeinte en 1903 par un artiste munichois.
C'est dans le chœur supérieur et dans la voûte en berceau que peuvent être contemplées les fresques les plus riches, malheureusement inaccessibles. La voûte du chœur est dédiée à la représentation de saint Pierre, assis sur son trône, entouré d'anges plaçant la tiare pontificale sur sa tête, et les symboles des quatre évangélistes complètent le tableau ; sur les murs du chœur, quelques épisodes de la vie de saint Pierre, comme la remise des clefs par Jésus.
L'une des plus belles fresques se trouve sur la voûte en berceau devant le chœur avec une représentation du jugement dernier. Le Christ trônant sur un arc-en-ciel reliant le ciel et la terre appelle les justes à la résurrection avec sa main droite levée, cette main tournée vers l'est, vers le soleil levant, symbole de vie et de lumière. Tandis que la main gauche baissée condamne les damnés aux feux de l'enfer, en bas de la fresque à gauche du Christ. La main gauche tournée vers l'ouest indique la direction du soleil couchant, symbole des ténèbres et de la mort.
Devant cette fresque, une représentation de l'Archange Michel vainquant un démon, le péché, et procédant à la pesée des âmes (psychostase).